Shûji et Chisé fréquentent le même lycée dans une petite ville d'Hokkaido. Chisé trouve un jour le courage d'avouer à Shûji ses sentiments et devient sa petite amie. Shûji est un garçon sec et cynique alors que Chisé est une jeune fille timide et apeurée. Ils entament ainsi une relation maladroite. Mais un jour, tandis que Shûji et ses amis s'affairent en ville, des avions surgissent et larguent des bombes. Shûji échappe par miracle à la mort et erre dans la ville en ruines quand il croise Chisé changée en arme de guerre, l'arme ultime. Chisé explique alors à Shûji qu'elle est devenue l'arme ultime dans le conflit qui enflamme la planète. Cependant, même si Shûji promet de garder le secret et que tous deux continuent de se voir, Shûji a du mal à accepter la dure réalité et décide de s'enfuir avec Chisé loin de la surveillance continue de l'armée mais Chisé ne peut pas agir à la légère, elle reste l'arme ultime...
La fin du manga et de l'anime différent sur plusieurs points. Le film est également une adaptation différente.
